Jinotega é o departamento cafeeiro mais importante da Nicarágua, produzindo a maior parte do café especial do país. Suas montanhas enevoadas e altitudes relativamente mais baixas são compensadas por solos vulcânicos excepcionalmente férteis. A história do café da Nicarágua está entrelaçada com sua história política — muitas fazendas foram nacionalizadas e depois privatizadas, criando um cenário complexo de fazendas familiares, cooperativas e grandes propriedades.
Jinotega produz cafés especiais com excelente custo-benefício, com perfis doces e de geleia. Várias variedades raras de grãos grandes como o Maragogipe ("grão elefante") crescem aqui e são apreciadas por entusiastas.