Jinotega es el departamento cafetero más importante de Nicaragua, produciendo la mayoría del café de especialidad del país. Sus montañas neblinosas y altitudes relativamente más bajas se compensan con suelos volcánicos excepcionalmente fértiles. La historia del café de Nicaragua está entrelazada con su historia política — muchas fincas fueron nacionalizadas y luego privatizadas, creando un panorama complejo de fincas familiares, cooperativas y grandes haciendas.
Jinotega produce cafés de especialidad con una excelente relación calidad-precio con perfiles dulces y mermelados. Varias variedades raras de grano grande como el Maragogipe ("grano elefante") crecen aquí y son preciadas por los entusiastas.